Emil est l'un des personnages de retour du NieR original, et bien qu'il n'ait pas exactement un rôle majeur à jouer dans NieR: Automata, il a aussi sa propre trame de fond en profondeur.
Nous rencontrons Emil pour la première fois dans le quartier commercial lorsque 2B et 9S sont chargés de vérifier la zone forestière pour y surveiller la présence de la machine. La tête ronde emblématique d'Emil sort de l'un des corps de la machine, bien qu'il s'éloigne rapidement de nous lorsque 9S suggère que nous le tuions parce qu'il a l'air bizarre.
Quand nous le retrouvons dans le quartier commercial, il demande aux androïdes de chercher des larmes lunaires partout sur Terre. La larme lunaire est une fleur blanche qui était d'une grande importance pour deux personnages du premier jeu: Yonah et Kaine. Emil et Kaine étaient les meilleurs amis de NieR, et il s'était particulièrement attaché à Kaine parce qu'elle lui avait appris à être fort et indépendant, même lorsque le reste du monde le traitait comme un monstre. Alors que 2B et 9S trouvent plus de larmes lunaires, Emil commence à retrouver ses souvenirs du voyage qu'il a effectué lors des événements du premier match. Bientôt, il nous donne accès à un ascenseur dans le quartier commercial.
L'ascenseur nous emmène sous terre, où nous trouvons un champ plein de larmes lunaires, et au milieu de celui-ci est une reconstitution de la petite cabane délabrée de Kaine depuis le premier match. En fin de compte, Emil avait créé ce lieu à la mémoire de Kaine, et c'était un rappel de la façon dont il vivait maintenant dans un monde que ses amis voulaient sauver. Emil nous révèle que lorsque les machines ont attaqué la Terre, il a eu recours à la création de copies de lui-même pour les combattre. Cependant, en raison du clonage répété, et avec les siècles qui se sont écoulés depuis, les souvenirs des clones ont commencé à se détériorer, et l'Emil avec qui nous parlons (qui est un clone, et pas l'original, soit dit en passant) avait également oublié ce qui était important pour lui.
Une fois que le joueur a récupéré toutes les armes du jeu et les a entièrement mises à niveau, le combat superbe d'Emil est débloqué. Lorsque nous le rencontrons au quartier commercial, il fait un commentaire sur la force de notre croissance et sur le fait que nous n'avons plus besoin de son aide. Son esprit semble errer et il marmonne quelque chose sur la façon dont il a besoin d'être fort aussi. Emil décolle, mais le Pod est capable de le retrouver.
Les androïdes se dirigent vers le désert, où l'on retrouve les têtes surdimensionnées de tous les clones qu'Emil a créés au fil des ans. Ils sont tous devenus fous et furieux des combats sans fin, et juste la solitude pure de toutes ces années à gérer la perte de leurs compagnons. Cependant, Emil dit que même si c'est douloureux, ils doivent continuer à se battre, précisément parce que c'est le monde que leurs amis sont morts en essayant de protéger. De plus, nous avons droit à un remix vraiment doux et déchirant du thème d'Emil pendant tout ce combat.
Lorsque nous avons finalement vaincu les clones, nous voyons qu'Emil est également proche de la fin de sa vie. Il s'excuse pour tous les désagréments qu'il a causés. Juste au moment où sa vie s'éloigne, il recommence à voir les visions de ses anciens amis.
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